به زبان ساده داستان 47 برمیگرده به آغاز بازی تو 2000:
هیتمن تو بیمارستان کارشو شروع کرد و فرار کرد بعدا به استخدام ica در میاد و ماموریت پیدا میکنه 4 تا قاتل بزرگ رو بکشه ،در مرحله بعد ماموریت پیدا میکنه دکتر odon رو بکشه.متوجه میشه این ماموریتها توسط پرفسور اورت مایر داده میشه و میفهمه که همه...